Op maandag 12 januari 1807 om half tien in de ochtend meerde schipper Adam van Schie zijn schip af bij de Langebrug aan het Rapenburg. Hij werd geholpen door de knecht Jan van Engelen, 21 jaar en door zijn twee zoons, Salomon van 28 en de zwaar gehandicapte Adam van 14 jaar. Het schip was geladen met 37.000 pond buskruit, afkomstig van de kruitfabriek van Hasselaar in Ouderkerk aan de Amstel. Het was een gure winterdag met natte sneeuwbuien.
De ontploffing van het kruitschip in Leiden
Wat er die dag op het schip is gebeurd, was later niet meer na te gaan, maar om 16.15 vloog het schip in de lucht. Het effect van de explosie was enorm. "Er was een hel en schitterend licht, dan een witte wolk zichtbaar boven de huizen van het Rapenburg, die zich met rukken uitbreidde, daarna werd een doffe slag gehoord met sterke dreuning en tegelijkertijd... wankelden de huizen, spleten de muren en stortten inéén...Ter plaatse waar het vaartuig gelegen had...werden wal en straat tot aan de huizen weggeslagen, terwijl het Rapenburg tussen beide bruggen voor een oogenblik droog werd gelegd en het water met groote kracht en overvloedig omhoog gestuwd en over der ruïnes gesmeten werd."
Door de explosie waren zeer veel ruiten gesprongen en verpulverd en het glasstof waaide overal heen. De overheid liet al het meel in de stad in beslag nemen omdat men bang was dat het met glas vervuild zou zijn. Dit veroorzaakte een tijdelijke voedselschaarste.
Al snel na de explosie stroomden honderden burgers naar de rampplek om te helpen. Ze liepen elkaar voor de voeten. Onder leiding van de gemeente werd de hulpverlening beter gestructureerd en werd begonnen met het zoeken en bergen van slachtoffers. "Zoo togen dus de moedigsten en de menschlievendsten aan den arbeid, met fakkels bijgelicht, in den beginnen nog bij den rossen gloed der brandende huizen, gewapend met spaden, hoeweelen, bijlen en touwen, en, klimmend over de ingestorte massa's, elk oogenblik gevaar loopend zelven in den akeligen baaierd neêr te vallen, roepend en spiedend, trachtten zij te redden wie in de pijnlijkste houdingen, tusschen balken beklemd, door vuur geblakerd, door last van stenen bezwaard, in onlijdelijke spanning hunnen verlossing verbeidden."
Het aantal dodelijke slachtoffers was 151, waarvan 40 kinderen. Velen kwamen op een gruwelijke manier aan hun einde. Zo werd Sara Johanna van Doelen en haar twee dienstboden letterlijk aan stukken gescheurd. De hoogzwangere mevrouw Vermolen raakte onder het puin bedolven en haar kind werd in de nood geboren; beiden raakten verpletterd. Van sommige mensen werd helemaal niets meer terug gevonden.
Om negen uur 's avonds, enkele uren na de explosie bezocht koning Lodewijk Napleon het rampgebied.Hij bleef daar tot de volgende ochtend. Volgens de overlevering zou hij zelf aan de reddingwerkzaamheden hebben deelgenomen. Zijn snel bezoek en zijn betrokkenheid bij de slachtoffers werd zeer gewaardeerd door de Leidenaren. De koning stelde middelen beschikbaar voor de opvang en voor een gedeeltelijk herstel van de schade. In de weken daarna nam hij diverse financiële maatregelen die de opbouw van de stad zouden moeten vergemakkelijken. Uit het hele land stroomden geld en goederen binnen. Wegens de vervuiling van het meel in de stad door puinstof en glas, werd broden uit andere steden aangevoerd.
Het aantal ramptoeristen was op zondag 18 januari echter zo groot, dat zij alle broden opaten, zodat er opnieuw onvoldoende brood was voor de getroffen bevolking.
Uit het hele land kwamen van burgers en instellingen giften binnen. In totaal Hfl. 1.891.609. Er werd een commissie in gesteld die op basis van criteria vaststelde wie wat zou krijgen.
Uit het buitenland kwamen giften binnen, zoals uit Parijs, Bordeaux, Gent, Lissabon, Frankfurt, Bazel en Lausanne. Maar ook met vertraging uit de Oost-Indische en West-Indische koloniën.
