De echtgenote van Schallenberg vertelde later dat haar man altijd twee zakboekjes had: een voor dagelijkse dingen en een voor speciale notities. Welke van de twee boekjes de politie in beslag heeft genomen is niet duidelijk. Later zou een kennis van Schallenberg uit de oorlogstijd, de Utrechtenaar Piet de Waal, vertellen dat hij na de dood van Schallenberg direct naar Den Haag is gereisd en dat hij van Mw. Schallenberg een zakboekje kreeg. Hij zou dit zakboekje later aan Telegraaf journalisten hebben gegeven. Na het gesprek met de familie van Schallenberg was de politie er nu volledig van overtuigd dat Schallenberg zelfmoord had gepleegd. Het lijk werd vrij gegeven voor de begrafenis. De zaak was voor politie afgedaan.
Maar de pas in functie getreden Amsterdamse Procureur-generaal Van Dullemen, gooide roet in het eten. Drie dagen na het vinden van het lijk, werd de Procureur-generaal van Den Haag Mr. J. Versteeg op 17 september via van Dullemen geïnformeerd over een onderzoek van de rijksrechercheurs J. Dekker en J.D. van Wijk uit Utrecht dat wees in de richting van moord op Schallenberg. De Rijksrecherche van Utrecht ressorteerde onder van Dullemen. Twee dagen later meldde de Telegraaf dat er aanwijzingen waren die er op duiden dat Schallenberg vermoord was. Het is niet onmogelijk dat de krant getipt was vanuit Utrecht. Versteeg besloot daarop alsnog tot een lijkschouwing. Op de dag van de voorgenomen begrafenis werd het lichaam weer in beslag genomen. Zes dagen na het vinden van het lichaam verrichtte de bejaarde patholoog-anatoom Van Hulst uit Leiden sectie. Hij stelt nadrukkelijk vast dat hij geen spoor van geweld, vergiftiging of anderszins heeft kunnen ontdekken. Hem is niets gebleken dat aanleiding zou kunnen geven tot de gedachte aan moord.
De kranten begonnen steeds meer vraagtekens te plaatsen bij de dood van Schallenberg.. De starre houding van politie en Justitie in Den Haag, die bleven vasthouden dat Schallenberg zelfmoord had gepleegd, maakte dat de kranten zelf op onderzoek gingen.De geruchtenstroom over de achtergronden van de dood van Schallenberg zwollen aan. De kranten zetten vraagtekens bij de conclusie van de lijkschouwing en gingen nu op pad om er achter te komen wat er nu precies aan de hand was.
Intussen was de Haagse politie een nieuw onderzoek gestart naar de dood van Schallenberg, waarschijnlijk ingegeven door de informatie van Dekker en Van Dijk uit Utrecht. Bij het onderzoek dat een maand in beslag nam was ook de rijksrechercheur D.C. van Lente betrokken. Deze rechercheur was ook betrokken bij het onderzoek naar de Velser-affaire. Negen politiemannen en twee CCD-ambtenaren gingen onder leiding van de Haagse commissaris van politie Hanken op onderzoek uit, hoorden 47 getuigen en stelden processen verbaal op. Er kunnen vraagtekens worden gezet bij de onbevooroordeeldheid van de onderzoekers, in elk geval van rijksrechercheur Van Lente. Ad Stuij, een van de relaties van Schallenberg in en voorman van de verzetsgroep Margriet uit Utrecht wordt verhoord door Van Lente. “Stuij verbaasd zich over het eenzijdige verhoor, dat bovendien wordt afgenomen in het kantoor van zijn baas Jongerius. Voor het verhoor zegt Jongerius: ‘Ad, rechercheur van Lente komt jou ondervragen.’t Is zelfmoord en het blijft zelfmoord’. Uit het gehele verhoor van Van Lente is voor Stuij duidelijk dat de rijksrechercheur er net zo over denkt.”
Lopende het onderzoek voelde de procureur-generaal van Den Haag zich gehinderd door de verhalen van de dagbladjournalisten.Hij verzocht de voorzitter van de gezamenlijke besturen der verenigingen van Haagse journalisten, de heer D.J. Lambooy, de journalisten op te roepen “zich voorlopig niet verder te verdiepen in de zaak-schallenberg”. De P.G. Den Haag zegde toe “bereid te zijn, wanneer de zaak-schalleberg tot klaarheid is gekomen, mededelingen aan de pers te verstrekken.” De journalisten legden zich hier mokkend bij neer.
Op 6 januari 1950 kwam justitie Den Haag met het eindrapport over de dood van Schallenberg. Zij constateerde zelfmoord. In het rapport werd niets nieuws aangevoerd. Alles wat men naar voren bracht was een paar dagen na de dood van Schallenberg ook al bekend. Wel werd in het rapport veel aandacht besteed aan kritiek op de rijksrecherche in Utrecht die van mening was dat Schallenberg vermoord was. De Amsterdamse P.G. kwalificeerde daarop vervolgens het onderzoek van Den Haag als naïef en oppervlakkig.
De pers reageerde met ongeloof op de conclusies van de Haagse justitie. Meer nog dan te voren wierp zij zich op de zaak Schallenberg.